En l'an 5 après la Bataille de Yavin, Ackbar abandonna le commandement de la Flotte pour se consacrer entièrement à son poste de Suprême Commandeur, laissant Kalback et Willham Burke se charger de Teradoc. Les détachements commandés par les Croiseurs Mon Calamari Justice et Remember Alderaan détruisirent l'avant-garde des forces du seigneur de la guerre en orbite de Togoria. Sur Contruum, planète natale d'Airen Cracken, la jonction fut faite avec la résistance locale qui fut incorporée dans les troupes régulières. Un barrage fut établi sur la Route Commerciale de Perlemia, permettant une division des forces : une branche, aux ordres de Burke, remontant vers les Mondes du Noyau, jusqu'à Brentaal, emportant au passage Colla IV et Chazwa sur l'Amiral impérial Ledre Okins ; quant à Kalback, il reçut le concours de Luke Skywalker pour mener un corps expéditionnaire sur Mindor. Une véritable boucherie orchestrée par le Seigneur Shadowspawn et ses Stormtrooper de Blackhole, au cours de laquelle Kalback perdit la vie.
En +6, l'Amiral Nammo fut nommé à la Troisième Flotte des Forces de Défense, amenant son Defiance dans la bataille. Burke, aidé de Brenn Tantor, poussa depuis Kashyyyk sur Reytha, puis Gyndine et enfin Commenor. Nammo tenta de prendre Bilbringi, mais fut mis en déroute par l'Amiral Teren Rogriss, allié à Turr Phennir, le nouveau chef du 181ème. La Troisième Flotte fut placée de part et d'autre de la Voie Hydienne, pour protéger les opérations sur Coruscant d'éventuels renforts en provenance du Pentastar Alignment du Grand Moff Ardus Kaine. Après la Conquête de Coruscant, la Troisième Flotte laissa la place à la Première Flotte des Forces de Défense de Firmus Nantz et établit ses quartiers en orbite de Kashyyyk.
En +16, Sienn Sconn et son oncle Cryle Cavv, alors à la recherche de l'agent des Renseignements de la Nouvelle République Shandria L'hnnar, offrirent sur un plateau d'argent le Super Star Destroyer de classe Executor Guardian à la Nouvelle République. Le vaisseau capital fut désigné comme vaisseau-amiral de la flotte. La même année, au cours de la Crise de la Flotte Noire, la Force d'Intervention Gemme du Commodore Poqua fut envoyée renforcer la Force d'Intervention Gemmet Cuivre du Croiseur d'Escorte Sacheen Tranchant de la Cinquième Flotte. Le Jantol et le Farlight furent envoyés protéger Wehttam, planète récemment ralliée à la Nouvelle République dans le Secteur Farlax, de peur des Yevethas.
Lors de la Dernière campagne contre les Vestiges, la Troisième Flotte s'illustra, aux côtés de la Quatrième Flotte des Forces de Défense de Garm Bel Iblis et de la Cinquième Flotte d'Etahn A'baht, lors de la Bataille d'Anx Minor ; terrible défaite impériale qui emporta sept vaisseaux de la flotte de Gilad Pellaeon et endommagea sévèrement le SSD Megador. Cette défaite permit la signature des Accords de Bastion entre Pellaeon et le Président de la Nouvelle République Ponc Gavrisom.
Lors de l'Invasion Yuuzhan Vong, la flotte fut stationnée sur Kuat mais on ignore encore dans quelle bataille elle s'illustra. Après la fondation de l'Alliance Galactique, on confia à Wedge Antilles le commandement de la flotte.
Composé de...
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Ackbar L'Amiral Ackbar est un Mon Calamari qui fut Suprême Commandeur des Forces l'Alliance Rebelle et de la Nouvelle République. Il mena l'attaque finale contre l'Etoile Noire II lors de la bataille d'Endor, s'opposa, entre autres, à Zsinj et Thrawn.
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Home One Vaisseau-amiral de la Flotte Rebelle puis des premiers temps de la Nouvelle République, le Home One fut commandé par le Mon Calamari Ackbar. Il participa à la bataille d'Endor et servit de base de lancement à l'Escadron Rogue.
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Verrack Mâle Mon Calamari, Verrack rejoignit les rangs de l'Alliance Rebelle et commença comme technicien sur le pont du vaisseau-amiral d'Ackbar, le Home One.
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Brenn Tantor Stormtrooper de l'Empire sous les ordres de Malcor Brashin, Brenn Tantor devint l'un de ses officiers les plus prometteurs. Il se retourna contre lui lorsqu'il découvrit ce qu'on avait fait à son père. Il rejoignit les forces de l'Alliance de Tyr Taskeen.
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Nammo Nammo était un Amiral Mon Calamari de la Flotte Rebelle et des Forces de Défense de la Nouvelle République.
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Kalback Kalback était un Amiral Mon Calamari des Forces de Défense de la Nouvelle République.
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Defiance Le Defiance était un Croiseur Mon Calamari MC80 de l'Alliance Rebelle, commandé par l'Amiral Nammo.
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Independence Croiseur Mon Calamari MC80, l'Independence était l'un des fers de lance de la flotte de l'Alliance Rebelle.