Stratégie établie par l'Ordre Sith après la Bataille de Ruusan, le Grand Plan visait à contrôler la Galaxie après avoir exterminé la République Galactique et l'Ordre Jedi. La Règle des Deux, déterminée par Darth Bane après la défaite de la Confrérie des Ténèbres, allait en ce sens aider les Sith à miner l'autorité du gouvernement de Coruscant en multipliant les conflits.

La Traque de Darth Bane sur Tython s'étant soldée par la mort de tous les Jedi au courant de l'existence des deux derniers Sith, ces derniers, à commencer par Darth Zannah et Darth Cognus, commencèrent à esquisser un réseau de l'ombre, lequel serait utilisé au fur et à mesure de leurs besoins : des groupes para-militaires devaient çà et là faire éclater des conflits, des sectes d'assassins en finir avec telle ou telle cible, des espèces belliqueuses envahir un voisin, et des espèces aisément manipulables obéir au doigt et à l’œil à toutes les directives imposées. Chaque Sith devait mettre en pratique ces contacts afin de pouvoir, à un moment ou à un autre, discréditer leurs ennemis. Zannah, la première, utilisa les radicaux du Front de Libération Anti-République, dirigés par l'Adepte du Côté Obscur de la Force Hetton, pour assassiner le Chancelier Suprême Tarsus Valorum. Ce fut le Maître Sith de Darth Tenebrous qui ouvrit une brèche dans le Côté Obscur pour tester la réaction de l'Ordre Jedi, comprenant que par l'absence de réaction, leurs ennemis étaient engourdis, facilitant l'achèvement du Grand Plan.

Son Apprenti Sith Bith entreprit quant à lui de nouer des liens avec les grandes familles de la construction aéronautique et ce afin de créer le moment opportun des machines de guerre qui échapperaient au contrôle de la République : quelle ne fut pas la surprise de la République et de l'Ordre Jedi, alors que la Guerre des Clones éclatait, de se voir livrés sur un plateau d'argent les tous nouveaux bâtiments de Rothana ! Et Darth Plagueis utilisa ses connexions au sein du Clan Bancaire Intergalactique - via son organisation, Damask Holdings - pour financer des groupes terroristes ou racheter des planètes ou concessions pouvant avoir de la valeur dans le futur. Ainsi, les concessions minières de cortosis de la planète Bal'demnic furent achetées pour équiper plus tard les Yinchorris, lesquels furent manipulés en 33 avant la Bataille de Yavin pour tenter d'éliminer un maximum de Jedi en menant, notamment, une attaque contre le Temple Jedi de Coruscant.

Le Grand Plan prit une nouvelle tournure quand Plagueis repéra le jeune Palpatine sur Naboo. Il évalua son potentiel comme futur Apprenti Sith et jaugea son charisme ainsi que son arrivisme : le jeune Naboo lui avait en effet avoué qu'il souhaitait accéder aux plus hautes fonctions. Le futur Darth Sidious serait le candidat idéal. Après sa formation, il lui laissa en partie la direction du Grand Plan : le jeune Sith fit assassiner le sénateur de Naboo Vidar Kim afin de se faire nommer à sa place et contacta alors la Fédération du Commerce afin de préparer l'invasion de sa planète. Une fois élu sénateur, il s'assura de ne pas être un rouage trop visible de la vie politique et organisa la corruption systématique de ses collègues, avec l'aide de Sate Pestage et de Kinman Doriana, ses fidèles alliés. Il fit également renverser le Roi de Naboo, Veruna, et en profita pour jouer de ses relations pour faire nommer Padmé Amidala, encore adolescente, et qu'il pensait corvéable. Tandis que Darth Plagueis était absorbé par ses travaux liés à l'Alchimie Sith et à la recherche de la vie éternelle, Sidious éleva Darth Maul.

Comme il l'avait escompté, le Sommet d'Eriadu fut un échec, les membres non-Neimoidiens de la Fédération éliminés. Ses pantins allaient maintenant entrer en action : la Bataille de Naboo fut un désastre pour ses alliés, lesquels devinrent encore plus dépendants de lui. Au même moment, il assassina son Maître Sith, comme le souhaitait la coutume, et fut nommé Chancelier Suprême de la République Galactique. Maul étant mort, il se mit en quête d'un nouvel apprenti, et le trouva en la personne du Comte Dooku, natif de Serenno et très critique à l'égard de l'Ordre Jedi depuis quelques temps. Il parvint à convertir l'homme au Côté Obscur et demanda à ce dernier d'être son envoyé auprès de toutes les organisations anti-républicaines : il devait les rassembler sous son ordre pour faire éclater la Crise Séparatiste. Son apprenti supervisa la création de la future Grande Armée de la République commandée par le défunt Maître Jedi Sifo-Dyas, manipulé par Plagueis avant sa rencontre avec le Chaos.

Pour Darth Sidious, Dooku ne devait être qu'une solution temporaire à un objectif beaucoup plus ambitieux : depuis le conflit sur Naboo, il avait eu vent de la présence de celui que les Jedi assimilaient à la Prophétie de l'Elu, le jeune Anakin Skywalker, né sur Tatooine sans père connu. Tout devait donc être fait pour qu'un jour le jeune homme sombre dans le Côté Obscur. Il décida d'accélérer les évènements : la Bataille de Geonosis, un peu plus tard, marqua l'éclatement de la Guerre des Clones. Occuper les Jedi et la République, tout en s'accaparant le maximum de pouvoirs seraient ses objectifs sur les trois années qui suivirent. D'un revers de main, Palpatine était parvenu à balayer l'opposition et à s'imposer comme le seul recours face à la Confédération des Systèmes Indépendants.

Bientôt, en utilisant Grievous et les différents Jedi Noirs gravitant autour de Dooku, il ne resterait plus de Jedi. En entretenant un lien quasi-permanent avec Anakin Skywalker, le Seigneur Sith s'assura de connaître tous ses faits et gestes, ses secrets, et de le flatter. Il fut le premier au courant de son mariage en cachette avec la sénatrice Padmé Amidala, et à exploiter cette faiblesse : les rêves récurrents, vers les derniers mois du conflit, du jeune homme sur sa femme mourante en couche lui donna l'occasion d'aborder l'histoire de son défunt maître. Palpatine lui révéla que le Sith avait percé le secret de la mort, et était parvenu à la défier : seule l'adhésion du jeune homme à l'Ordre Sith pourrait l'aider à sauver Padmé de la mort. Ce ne fut que tardivement, après s'être mis A la recherche de Darth Sidious, que le Conseil des Jedi, Mace Windu et Yoda en tête, comprirent que Palpatine était un Sith. Mais il était déjà trop tard : l'Ordre 66 avait contribué à la quasi extinction de l'Ordre Jedi ; la Grande Purge achèverait le travail. Ainsi, Anakin Skywalker, après avoir adopté le nom de Darth Vader et devenu la Main de l'Ombre de Sidious, se retourna contre ses anciens coreligionnaires et les massacra lors de l'Opération Knightfall.

Palpatine en profita pour montrer son vrai visage au Sénat Galactique, usé par l'utilisation du Côté Obscur pendant de nombreuses années, mais arguant avoir été victime d'un complot des "terroristes Jedi". La Proclamation de l'Ordre Nouveau restaurait un nouvel Empire Sith : un Empire Galactique dédié au pouvoir absolu des Sith. La Théocratie des Deux remplaçait la Règle des Deux et un Ordre Secret, émanation directe du pouvoir Sith suprême, allait bientôt être instauré pour exercer le contrôle sur chaque serviteur impérial...