Amenée très jeune au Temple Jedi, Bastila Shan était une Jedi pleine d'avenir : ses dons lui procuraient un certain attrait de la part des grands Maîtres Jedi de l'Ordre. L'un d'entre eux fut la Méditation de Combat, qui permettait de saper le moral des ennemis et de leur faire prendre peur pour remporter la victoire. Ce don était très utile puisque au moment même où Bastila grandissait, les Guerres Mandaloriennes allaient débuter. Outre la Méditation, Bastila Shan fut la deuxième Jedi à se servir d'un Sabrelaser à double lame, peu après Exar Kun. Ce fut le Maître Zez-Kai Ell qui lui apprit les techniques complexes du double Sabrelaser. Mais Bastila Shan n'était pas une fille sage, contrairement à nombre d'apprentis Jedi de l'époque. Ses Maîtres la reprenaient souvent puisqu'elle était impulsive et très tournée sur elle-même.

Lorsqu'elle accéda au rang de Chevalier Jedi, la Guerre Civile des Jedi venait d'éclater. Les jeunes Darth Revan et Darth Malak, peu après les Guerres Mandaloriennes, souhaitaient anéantir la République et l'Ordre Jedi, et reconstituer l'Empire Sith sur les bases fumantes de l'Ancienne République. Ils remportaient victoire sur victoire et les Maîtres du Conseil des Jedi virent Bastila Shan comme leur dernier espoir : sa Méditation de Combat allait permettre d'éliminer la flotte Sith. Mais cela n'arriva pas. L'ultime mission de la République fut d'envoyer Bastila Shan et un commando Jedi sur le vaisseau amiral de Revan pour capturer le Seigneur Noir de la Sith. Au cours de cette mission, Malak chercha à éliminer Revan et Bastila Shan, blessant mortellement ce premier. Shan, n'écoutant que les préceptes Jedi, sauva Revan de la mort en créant un lien entre eux deux. Elle ramena Revan devant le Conseil des Jedi, qui lui supprimèrent tout souvenir de son ancienne vie. Ils le placèrent auprès de Bastila, afin que cette dernière le surveille au cas où le processus d'effacement de mémoire ait échoué. Sur l'Endar Spire, Bastila utilisait sa Méditation pour combattre la flotte Sith, jusqu'à ce que cette dernière trouve le vaisseau et l'attaque en orbite de Taris. Bastila fut forcée de quitter son vaisseau dans une capsule de sauvetage, qui s'écrasa sur Taris. Elle fut alors emprisonnée par les Vulkars Noirs, un clan de gangsters de la planète. Elle fut finalement libérée par Revan et Carth Onasi après une course de fonceurs.

Malgré la victoire de Revan, Brejik, le chef des Vulkars, refusa de libérer sa nouvelle esclave, et Bastila se libéra de sa cage de force et tua le chef. En compagnie de Revan, du droïde T3-M4, Carth Onasi, Mission Vao, Zaalbar et Canderous Ordo, elle vola l'Ebon Hawk et quitta Taris au moment même où Malak exécutait un bombardement orbital. Après cela, Bastila demanda à Revan de mettre le cap sur l'Enclave de Dantooine, afin que ce dernier puisse reprendre son apprentissage de Jedi et redevienne ce qu'il aurait dû être : un puissant Jedi. Tous deux furent chargés d'aller dans une ruine sur Dantooine pour enquêter. Il s'avéra que cette ruine contenait un morceau de la Carte Stellaire qui devait indiquer où se trouvait la Forge Stellaire dont se servait Darth Malak pour créer sa flotte Sith. Elle se rendit alors avec Revan et ses compagnons sur Korriban, Manaan, Tatooine et Kashyyyk afin de retrouver les autres morceaux pour trouver la planète secrète de Rakata. Mais l'Ebon Hawk, après avoir trouver le dernier morceau de carte, fut capturé par le Leviathan, le vaisseau amiral de Malak. Emprisonnée comme le reste de l'équipage, la jeune Jedi fut la seule à être soumise à la torture de l'amiral Saul Karath, traître à la République.

Bastila Shan.

Alors qu'ils s'échappaient, après avoir tué Karath, ils furent confrontés à Darth Malak. La Jedi fut forcée de combattre le Seigneur Noir et elle fut finalement vaincue. Soumise à la torture, elle se détourna peu à peu du Côté Lumineux de la Force et devint le nouvel Apprenti Sith de Malak en remplacement de Darth Bandon. Elle fut envoyée sur Rakata afin d'accueillir Revan et de le tuer. Confrontée au Jedi, elle échoua à le convaincre de revenir vers le Côté Obscur et à reprendre son titre de Seigneur Noir. Après un duel, Bastila fut vaincue et forcée de se retirer jusque sur la Forge Stellaire, jusqu'à ce qu'ils soient de nouveau face à face. Mais Revan ne voulait pas la tuer, et la ramena vers le bon côté de la Force en lui rappelant l'amour qu'il avait pour elle. Bastila, troublée, revint auprès de Revan et utilisa sa Méditation pour aider les vaisseaux de la République à détruire la flotte Sith qui sortait de la Forge Stellaire.

Après la Bataille de la Forge qui vit la mort de Malak et la défaite des Sith, Bastila fut honorée comme libératrice de l'espace Républicain, au même titre que Revan, Carth Onasi et leurs autres compagnons de route. Mais la route de Bastila et Revan s'arrêta là. Revan voulait suivre son propre chemin, sur les traces de son passé, et ne souhaitait pas embarquer la jeune Jedi dans cette aventure au risque que celle-ci succombe une nouvelle fois au Côté Obscur. Elle retourna au Temple Jedi de Coruscant et devint une instructrice au maniement du Sabrelaser. Elle se résigna à attendre son seul et unique amour parti dans les Régions Inconnues.