La menace séparatiste
Alors que la galaxie s'apprêtait à sombrer dans la Guerre des Clones, Farr se fit très critique envers la manière dont Palpatine gérait la crise. Il accusait le Chancelier Suprême d'agir dans son intérêt personnel sans mettre en avant les intérêts de la République toute entière. Pour se donner du crédit, il révéla devant le Sénat que le sénateur de Yir Tangee et membre du Comité Loyaliste Havriso Looruya, versait des sommes aux Séparatistes vers des comptes situés sur Ando et Sluis Van. De plus, il avait mis la main sur une liste de deux cent quarante-cinq sénateurs corrompus par les Séparatistes au sein du Sénat, ce qui fit un tollé sur l'HoloNet et dans l'opinion publique. Cependant, il refusa de transmettre ses informations aux Services de Renseignements de la République et préféra les donner en personne à Palpatine, qui les transmit discrètement aux Services.Pour le remercier de sa "vigilance" à l'égard de la République, Farr fut nommé au sein du Comité Loyaliste notamment aux côtés de Padmé Amidala et de Bail Organa. Tous trois, et en particulière Farr, cherchèrent à s'opposer à la Loi sur la Création Militaire, prémisse à la création de la Grande Armée de la République. Cependant, le sénateur de Rodia fut contraint au silence le jour du vote, après avoir appris la mort de son frère et de sa sœur dans un incendie domestique sur son monde.
Après la Bataille de Geonosis, Onaconda Farr assista en compagnie de Palpatine de Bail Organa et d'autres sénateurs Loyalistes, à l'embarquement des centaines d'unités de soldats clones dans leurs Croiseurs Acclamator sur Coruscant.
Allégeance difficile
Onaconda Farr
Alors que la guerre faisait rage, la République Galactique concentra tous ses efforts de gestion et de ravitaillement pour soutenir son effort de guerre, au détriment des mondes membres les plus éloignés du Noyau. Farr vit fondre comme neige au soleil les denrées fournies par la République qui étaient essentielles à la survie du peuple de Rodia. Après avoir fait des pieds et des mains pour en avertir l'opinion publique mais sans succès, Farr songea à trahir ses idéaux pour rejoindre la cause Séparatiste qui lui promettait le ravitaillement dont il avait besoin contre la capture de la sénatrice Padmé Amidala. La famine de Rodia ne laissa pas le choix au sénateur et il accepta les termes du contrat proposé par Nute Gunray. Farr invita alors Padmé Amidala sur Rodia sous prétexte de l'aider à gérer la famine qui menaçait de plonger Rodia dans la crise. La sénatrice confiante, venue avec C-3PO et Jar Jar Binks, ne découvrit que trop tard le piège dans lequel elle était tombée et fut faite prisonnière.Lorsque Farr accueillit Gunray pour lui remettre sa précieuse otage, il apprit que le vice-roi avait l'intention de tuer Padmé et que les provisions ne seraient livrées qu'après son exécution, une clause qui n'était pas prévue au contrat. Parallèlement, les négociations furent rendues difficiles par l'intervention d'un prétendu Jedi, en réalité Jar Jar Binks déguisé, qui créa la pagaille dans le hangar. Lorsqu'il parvint enfin à mener Gunray aux cellules de détention, il découvrit que Padmé s'était échappée et songea profondément à retourner sa veste contre les Séparatistes. Après que Padmé et la maladresse chanceuse du Gungan aient éliminé les derniers droïdes, Gunray compta sur l'aide de Farr pour éliminer la sénatrice. Mais le rodien rejoignit finalement la cause de la République et participa à la capture du vice-roi alors que des troupes clones de la 41ème Légion d'Elite du Commandant Gree débarquaient sur Rodia.
En remerciement pour les services qu'il avait rendu à la République, Palpatine prit immédiatement en considération la famine de Rodia et envoya sans tarder un convoi alimentaire pour stabiliser la situation de la planète.
