Son Maître fut finalement appelé à combattre lors de la Bataille de Geonosis. Elle finit par tomber en combattant face au terrible Général Grievous, engendrant la détresse de Justiss. En compagnie des Maîtres Sian Jeisel et Tsui Choi, environ sept mois après la Bataille de Geonosis, Kai Justiss se fit prendre au piège en orbite de Drongar par les forces de la Confédération des Systèmes Indépendants. Le Comte Dooku aborda alors leur vaisseau et, après avoir éliminé tous les soldats clones, leur permit de partir. Mais Kai Justiss, comme ses camarades, comprit immédiatement que le Comte Dooku espérait qu'ils le rejoignent dans son combat, ce qu'il ne firent pas.
Un mois plus tard, de retour sur Coruscant, il fut alors promu au rang de Maître Jedi et reprit le poste de Veilleur Jedi de Kashyyyk dès le début de la Guerre des Clones, après que Yoda en personne lui ait cédé cette tâche. Il devait remplir une mission diplomatique et arriva donc pendant l'invasion de la planète par les Séparatistes, enrayant un assaut trandoshan sur la cité de Rwookrrorro avec un bataillon de clones tandis que Yoda et d'autres Jedi combattaient sur les plages de Kaichiro. Quand l'Ordre 66 fut décrété par Darth Sidious, Kai Justiss réussit à survivre en se cachant.
Il passa les années suivantes à fuir l'Empire Galactique. Mais alors qu'il se terrait sur Garqi, il fut trahi par des fermiers locaux qui rapportèrent sa présence aux Chasseurs de Primes de la Crimson Nova. Il se retrouva piégé par Boushh, le Trouveur Gand Zuckuss et la Farghul Breela. Le Seigneur Noir des Sith Darth Vader l'exécuta ensuite à bord de l'Etoile Noire I.
NOTE 1 : "Jedi Archival Department"
