La planète Cato Neimoidia était désormais entre les mains de la République Galactique, mais cela ne signifiait pas pour autant que des éléments Séparatistes récalcitrants, notamment les Légions de Défenses Neimoidiennes, avaient décidé de déposer les armes. Bien au contraire. Le 212ème Bataillon d'Attaque disposait d'une garnison sur la planète afin de garantir une présence républicaine jusqu'à l'intervention de renforts républicains, symbolisés par la personne du Maître Jedi Plo Koon et des Chasseurs RCO-170 commandés par le Capitaine Jag. La cavalerie aérienne de la 127ème Aile de Canonnières devait couvrir l'assaut des soldats clones qui traquaient les ultimes poches de résistance ennemie dans les derniers bastions construits par la Fédération du Commerce.

Cependant, au même moment, les évènements sur Coruscant se précipitèrent: Palpatine, alias Darth Sidious, fit exécuter l'Ordre 66 par tous les clones engagés dans les Sièges de la Bordure Extérieure : le Capitaine Jag et CT-57/11-9048 en faisaient partie. Ils firent feu sur le Delta-7 Aethersprite du Maître Jedi, qui alla s'écraser contre la nurserie Neimoidienne faisant plus de deux cents victimes, des matricules CT-8770 à CT-8910. La planète passa directement sous le contrôle de l'Empire Galactique à l'issue de cet ordre.