Au milieu de la Guerre des Clones, lorsque la guerre s'amplifia et que le système de la Grande Armée de la République fut rodé, les unités se spécialisèrent et reçurent des assignations auprès des Généraux Jedi du Conseil chargés de s'occuper des secteurs à défendre au sein de la République Galactique. Avec la création des Destroyers de classe Venator, la guerre changea radicalement de visage. Le *Vigilance *fut l'un de ces destroyers et fut assigné à la Cinquième Flotte de la Flotte de l'Open Circle, comme vaisseau-amiral d'Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker, les deux principaux héros de la Guerre des Clones, ainsi qu'au Commandant Cody et aux hommes du 212ème Bataillon d'Attaque. Il accompagna les deux Jedi et le Bataillon dans toutes leurs missions : Bataille de Cato Neimoidia, Bataille de Belderone, Bataille de Nelvaan, Bataille de Coruscant et enfin la Bataille d'Utapau, après laquelle il entra définitivement au service de l'Empire Galactique naissant.