Les premiers pas de Rune Haako comme Officier Responsable de la Colonisation furent d'aider Nute Gunray en tant qu'attaché diplomatique et militaire. Les rumeurs dans les couloirs des vaisseaux de la Fédération du Commerce racontaient que Haako était sans scrupule et manipulateur. Son éloquence l'emportait en augmentant sa crédibilité et rendant les actions de la Fédération plus légitimes aux yeux de son public. Rune Haako affichait toujours une certaine tristesse qui donnait comme air de pitié, pour cet être sans merci.

En tant que lieutenant du Viceroi Nute Gunray, Haako pouvait se permettre de remettre en cause les décisions d'une alliance avec Darth Sidious, le Seigneur Noir de la Sith . Sa mine pessimiste pressentait le désastre qu'allait être le Blocus de Naboo. Lorsque la Reine Amidala reprit le contrôle du Palais de Theed, Haako et Gunray furent capturés et emmenés sur Coruscant pour y être jugés.

A la fin de la Guerre des Clones, après que Rune Haako ait accompagné partout Nute Gunray, il finit par atterrir comme tous les leaders Séparatistes sur Mustafar. Quand l'Apprenti Sith Darth Vader fut envoyé par Darth Sidious pour les récompenser, Rune comprit, comme ses collègues, qu'il venait en réalité pour les tuer. Il mourut comme tous les autres, tranché net par le Sabrelaser du Sith.