En tant que lieutenant du Viceroi Nute Gunray, Haako pouvait se permettre de remettre en cause les décisions d'une alliance avec Darth Sidious, le Seigneur Noir de la Sith . Sa mine pessimiste pressentait le désastre qu'allait être le Blocus de Naboo. Lorsque la Reine Amidala reprit le contrôle du Palais de Theed, Haako et Gunray furent capturés et emmenés sur Coruscant pour y être jugés.
A la fin de la Guerre des Clones, après que Rune Haako ait accompagné partout Nute Gunray, il finit par atterrir comme tous les leaders Séparatistes sur Mustafar. Quand l'Apprenti Sith Darth Vader fut envoyé par Darth Sidious pour les récompenser, Rune comprit, comme ses collègues, qu'il venait en réalité pour les tuer. Il mourut comme tous les autres, tranché net par le Sabrelaser du Sith.
