La CSI avait compris que la Marine Républicaine reposait essentiellement sur des vaisseaux alliant rapidité et simplicité, mais d'une taille relativement réduite : il s'agissait des Croiseurs Acclamator. Pour contrer les Acclamator, elle passa commande auprès de Kuat Drive Yards, une entreprise pourtant Loyaliste puisqu'elle produisait les navires de guerre républicains, pour lui fournir des destroyers lourdement armés et résistants : la Flotte Tempête. Le Chancelier Suprême Palpatine ordonna tout de même qu'une enquête soit menée au sein même de KDY pour tenter comprendre la trahison. Afin d'échapper aux poursuites et à la saisie de ses chantiers navals, KDY quitta définitivement l'alliance avec la Techno Union pour rejoindre la République Galactique. Mais le mal était déjà fait : si Palpatine obtenait le soutient du plus gros producteur de navires, la Grande Armée de la République et sa Marine auraient désormais une nouvelle menace au-dessus de la tête.

La Route Commerciale Perlemiane devint la cible des attaques de la Flotte Tempête qui s'en prenait à chaque convoi de médicaments et de munitions. Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker tombèrent par hasard sur la Flotte Tempête dans la Nébuleuse de Llon, où le Spatioport de Kronex ravitaillait les navires en carburant. Skywalker, au tempérament de feu, décida, une fois de plus, de ne pas suivre les conseils de son Maître et suivit la Flotte alors qu'elle quittait Kronex. Il la dépassa et l' emmena jusque dans un champ d'astéroïdes où deux destroyers furent anéantis par les impacts. La Flotte Tempête retourna au spatioport pour y refaire des réparations et continua sa mission pour mettre à mal les convois de la Marine Républicaine.

Ce fut au moment où les destroyers Séparatistes arrivèrent à Cyphar que la Marine Républicaine en finit avec la menace. Plus de la moitié des destroyers furent détruits pendant la bataille. On ignore encore à ce jour si les autres purent pendre la fuite ou s'ils furent arraisonnés.