Un peu plus de quatre années après avoir anéanti le Projet Darktrooper, Kyle Katarn retrouve la trace de l'assassin de son père : le Jedi Noir et membre de l'Inquisitorius Jerec, accompagné de ses acolytes. Déterminé à les retrouver, il doit faire face à de nouvelles découvertes : ses ennemis sont sur le point de s'emparer de la Vallée des Jedi, un Nexus de Force oublié depuis la fin des Nouvelles Guerres de la Sith, mille ans avant la Bataille de Yavin.

Bataille de Dorlo

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Qu Rahn et une équipe de saboteurs sont capturés par Jerec et ses séides. Ils sont priés de révéler les coordonnées de la Vallée des Jedi. Tous meurent, et c'est au tour de Rahn d'être interrogé.

Seconde Mission sur Nar Shaddaa

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Contacté par un droïde du nom de 8t88, Kyle souhaite obtenir des renseignements sur l'identité de la personne à l'origine de la mort de son père, Morgan Katarn, sur sa planète natale, Sulon. Le droïde, en possession d'un holodisque ayant appartenu à son père, est déterminé à le vendre au plus offrant ; et le mercenaire ne figure pas en tête de liste.

Infiltration sur Sulon

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Kyle, accompagné de sa fidèle alliée Jan Ors, continue à suivre la piste des Jedi Noirs. Elle le mène jusqu'à sa planète natale, et notamment à sa maison, où les coordonnées de la Vallée des Jedi sont dessinées sur les dalles du plafond de l'atelier paternel.

Bataille pour la Vallée des Jedi

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Rejoignant Ruusan à la suite des forces impériales, Kyle livra la bataille pour la Vallée des Jedi, une série de duels contre Maw, Sariss et finalement Jerec, pour libérer une fois pour toutes les esprits du Nexus de Force.